此外，原本藩论保持一致的长州也开始有了争论。
起初达成一致的意见是通过公武合体经营国家，长州由此参与其中，但其中的尊王攘夷派却举起叛旗，力量逐渐壮大，开始动摇长州藩。
周布政之助也开始改变之前的意见，与尊王攘夷派的久坂玄瑞结交。
同时，长州藩藩主毛利敬亲又突然表示，“航海远略策”不可行，需要重新审视长州藩今后的发展方式。
就这样，本已快成功“航海远略策”彻底破产，长井雅乐还被追究了责任，被认为是做了多余的事，许多尊王攘夷派的人强烈要求长井雅乐切腹谢罪。
由于长州藩改变态度，正在推进的公武合体前功尽弃。
这个时候，另一位实力强大的“棋手”——萨摩藩——伸出了獠牙。
安政五年，岛津齐彬……即萨摩藩第11代藩主、天璋院的义父、害天璋院嫁给一个残疾人的罪魁祸首，因病去世。
没有子嗣的岛津齐彬去世时留下遗言，他认为若将藩主之位交给其弟岛津久光，一定会搞出难以收场的麻烦。
因此，他决定由岛津久光的儿子岛津忠义继承萨摩藩主之位。
实际上，他这样的操作，跟直接传位给岛津久光没啥不同。
岛津久光成为了藩主的父亲，这与他当上藩主别无二致。
继承了岛津齐彬的衣钵的岛津久光，开始以国父的身份治理、领导萨摩藩。
他是一个十分开明，且能洞察时事的人。
他看出国内目前的现实是“尊王攘夷派”占据优势，即使进言开明的意见，他们也不会接受。
因此，岛津久光做出乍看之下是“尊王攘夷派”的姿态，实际上却抱有“公武合体派”的想法。
此外，他还是一位野心家，希望占据领导地位。
长井雅乐的稳健策略崩溃之后，他率领1000名藩兵，带着大炮来到京都，镇压京都内的不稳定或有所企图的浪人，将蠢蠢欲动的尊王攘夷派全部逮捕，关在萨摩藩邸和旅馆内，对他们进行彻底的肃清。
他这么做的目的是巩固自己的立场，增加在朝廷中的话语权。
在萨摩藩的“尊王攘夷派”中起领导地位的西乡隆盛，也被他流放至德之岛。
然而，岛津久光都已经把事情做的那么绝了，却依旧有人不晓得其心中所想，还有人视他为“尊王攘夷派”的首领。
岛津久光率领军队来到京都，于是萨摩人意气风发，他们认为：“此乃良机。如今正可拥立久光公为大将，在京都町崭露头角，赶走幕府势力，由我萨摩藩夺取天下。”
他们甚至制订计划，一旦出现状况就将天皇带到比睿山，与幕府全面开战。
这帮家伙的奇葩脑洞，将岛津久光吓得够呛，他立即出手压制他们的行动。
文久二年4月23日，“尊王攘夷派”的三十多人聚集在伏见的船宿寺田屋，商讨今后的对策。
岛津久光认为这决不能容忍，于是派遣9名身手高超的藩兵前往，他指示：“不要对所有人下手，只针对自藩的人。”
于是，萨摩藩的“尊王攘夷派”的领袖人物被一举歼灭。
岛津久光派人残杀自藩的“尊王攘夷派”人士……行事之果断，手段之残忍，震惊世人。
此事件被世人称为“寺田屋事件”。