最终，周遇吉因兵少粮尽，选择退守宁武关。
宁武关位于山西中部，又是太原北上大同的要道，明朝景泰年间在此建城立关，与偏关、雁门关成为防御鞑靼骑兵的山西三关，乃兵家要地。
而宁武关地势也非常险要，李自成对宁武关又志在必得，在宁武关的战役更加惨烈。
义军连攻数日，但城上明军火炮猛烈轰击，对义军造成极大的伤亡，使得义军胆寒。
李自成无奈，扬言“五日不降者屠其城”，希望以此迫使周遇吉投降。
周遇吉宁死不降，仍然拼死抵抗义军的进攻。
但随着火药即将耗尽，一些将领劝说周遇吉退守其他关城，被“一军皆忠义”的周遇吉，断然拒绝。
于是，周遇吉在城内设伏，派遣弱兵出城诱敌。
义军果然上当，数千人马涌入城中，被闸门断了退路，周遇吉伏兵突然杀出，斩杀数千人。
周遇吉的抵抗，一度让李自成自闭，多次与将领商议放弃宁武关，多亏顾君恩等人力劝，李自成才下令继续进攻。
明军火炮没有火药，难挡义军，周遇吉率军与义军巷战，被打落下马，他又徒步奋战。
身中数箭，仍破口大骂。
就在即将被义军俘虏之际，一队火铳兵出现，将周遇吉救走，正是隐藏在宁武关内的护民军。
同时被救走的，还有周遇吉的家属。
值得一提的是，周遇吉的夫人刘氏，其虽为妇人，却素来悍勇。
护民军数名士兵，险些被刘氏打翻，直到看见被救护民军救下的、昏迷不醒的周遇吉，刘氏这才罢手。
护民军带着周遇吉一家，躲进早已挖好的地道中。
然而，因为之前周遇吉的抵抗，给义军造成了七万余人的阵亡，伤者更是无数，李自成便下令屠城。
三月初一，整个宁武关，婴幼不遗，只有一些被俘虏去取乐的妇人留下一命。
休整数日后，李自成再度率军东进，各城闻风而降者，数不胜数。
在李自成苦战于宁武关之时，王毅也做出了他的安排……