会议结束，卢象升发兵滁州，与起义军在朱龙桥激战，义军败走。
高迎祥率军攻打寿州不克，向西进入归德，卢象升紧追不舍，却一直没有寻到决战机会。
二月，义军攻打密县、破登州，击杀明将汤九州，进军邓州、郧阳。
三月，高迎祥与李自成分兵，由郧襄入兴安、汉中与张献忠会师。
五月，高迎祥复入湖广。
卢象升一直在关注高迎祥部的动向，因为高迎祥是闯王的身份，只要将高迎祥击溃，便可沉重的打击流贼嚣张气焰。
在七月之时，卢象升得知了关于高迎祥部的一条重要情报。
“报~！”一名夜不收总旗官来到卢象升的临时军帐外。
正查看行军地图的卢象升，头也不抬的说道：“让他进来！”
守卫放行，夜不收总旗进入军帐，拱手单膝跪地，道：“卢大人，高迎祥部离开湖广后，往汉中方向而行，目前在子午道一带汇聚！”
闻言，卢象升立即在地图上找到子午道，他脑海中瞬间冒出“子午谷奇谋”几字。
“来人！”卢象升立即叫唤一声。
待亲兵进来，卢象升接着道：“以最快的速度告知陕西巡抚孙传庭，就说高迎祥部有可能从子午道突袭西安！”
“是！”亲兵匆匆退下，立即去办差。
七月，高迎祥率军进入子午道。
然而，天公不作美，本就难走的子午谷道迎来了多次降雨，路面更加泥泞，严重拖慢了行军速度。
而这也给了孙传庭足够的时间调动部队，并在黑水峪一带设下了埋伏。
高迎祥率军出南山，往西安方向前进，兵至黑水峪一带，突见伏兵四起，喊杀声震天。
在仓促应战之下，高迎祥五万大军，被孙传庭两万兵马杀的大败。
见情况不妙，高迎祥率领老营拼死突围，但始终无法脱困。
力战之下，高迎祥负伤，被手下将领护着躲进了一处山洞中。
在七月二十日这天，孙传庭带领兵马入山搜寻高迎祥的下落，终于在山洞中将高迎祥俘获。
同时被俘的，还有高迎祥心腹将领刘哲和黄龙。
闯王高迎祥被俘的消息，很快被传荡开来，失去高迎祥统领的数万义军，也四散而逃。
得知高迎祥被俘的各方义军，都是震惊不已，士气一落千丈，一些义军头领更是冒出了接受招安的想法。
京师。
“大捷，周至县黑水峪大捷，闯王高迎祥被俘……”
一名校尉骑着快马，口中高呼大捷，直接闯入京师……