通过天之箭桥之后，小智三人来到了飞云市。
飞云市是合众地区有名的大都市，也是合众地区最大的城市，这里的摩天大楼比比皆是很是壮观。飞云市的特产——飞云冰淇淋，小智三人现在的目的地就是售卖飞云冰淇淋的小店。
艾莉丝惊呼道：“飞云市真的好大啊！”
天桐道：“我听说这里的飞云冰淇淋很好吃哦！”
小智道：“反正飞云道馆赛预约的是明天，我们干脆就去吃吧！我请客！”
艾莉丝带着牙牙跑了起来，喊道：“太好了！”
穿过飞云市中央区域的时候，在这里他们见到了亚缇。小智自从进入中央区域后，波导之力传递给他的感觉就很是不安。
小智道：“亚缇先生！”
亚缇道：“是你们啊！小智你来看，树上的虫系宝可梦们好像很不安的感觉啊！”
艾莉丝道：“我听说大灾难来临的时候，虫系宝可梦就会开始焦躁。”
亚缇道：“是啊，虫系宝可梦具有察觉到人类无法察觉到的电磁波，这点在科学上已经被证实了。”
小智来到了亚缇站的树下，释放出了波导之力，道：“确实！有大量的百足蜈蚣正在地下从那个方向移动来飞云市。”
亚缇道：“地下水道吗？那个方向是荒野名胜区里的河流！”
“等一下，这么说来！以前也曾经有过这种事情，就是荒野中生活的宝可梦们通过这个地下水道迁移到飞云市里来了。难道是荒野名胜区出事了？”
小智道：“我们先去调查一下吧！”
四人来到了地下水道中，往前走了没有多久就看到了一只百足蜈蚣卡在了水管中，尾巴上下晃动想要挣脱出来的样子。
艾莉丝道：“好像卡的很难受的样子哎！”
小智道：“我来吧！”小智将波导之力集中在手上，将百足蜈蚣抱了出来，他又用常磐之力治疗了它。
众人被声音吸引，抬起头的时候看到了百足蜈蚣群正在地下水道中穿行。
小智道：“不好了，地面上也都是百足蜈蚣了！”
四人带着那只被小智救下来的百足蜈蚣来到了地面上，市民们的尖叫声不断。
君莎小姐骑着摩托车来到了小智面前道：“小智搜查官，您在飞云市就太好了！现在大量百足蜈蚣正在飞云市中引起骚乱！”
小智道：“君莎小姐，你组织市民去紧急避难吧！剩下的交给我们了！”
君莎小姐道：“好的！对了，我们已经请红豆杉博士调查原因了！”