之后，南波博士被火箭队队员给救了出来，他抓着一根浮木，看着已经沉底的火箭队海底基地，嚎啕大哭起来。
“东波博士，你没事吧。”
“不是东波，我是南波啊。”
夕阳西下，小智一行人跟洛奇亚母子告别。
小智表示，这次唯一的遗憾，就是没有抓住南波博士。
然后，小智将抓到的部分火箭队队员，全部都交由赶来的君莎小姐处理。
之后，小智一行人也跟阿弘还有修一告别。
“我决定，继续留在漩涡列岛这里巡回旅行。”阿弘道。
“我们要返回浅葱市，那么就得在这里告别了。”小智道。
“小智，你真的比以前强很多了，和你一起并肩作战的时候就知道了。”
“阿弘你也是，下次再见面的时候，我们来一场对战吧。”
“好啊。”
“小智，我顺便载你们一程吧，只要开到鲳鱼镇的港口就行了吗？”露佳道。
“谢谢你，露佳小姐，是的，那里有定期船开到浅葱市。”
“好，那我要开船了。”
“再见了，小智。”
“再见了，阿弘，要保重啊。”
告别了阿弘和修一，小智一行人坐船来到了鲳鱼镇。
然后又和露佳告别，一行人来到宝可梦中心，小智联络了可夏。
“可夏，请问阿蜜小姐现在能不能跟我做道馆比赛啊？”
“可以，电龙光儿已经恢复健康了，阿蜜小姐也已经恢复健康了，没问题的。”
“那太好了，那我们就搭上今天的定期船，尽快赶回浅葱市去。”
“好，我会转告阿蜜小姐的，让她明天早上一大早就到道馆去等你。”
“好，谢谢你，再见了。”
“再见。”
挂断电话，替换完宝可梦后，一行人前往鲳鱼镇的港口坐船。
这一次小智一行人早点出发，成功赶上了定期船，不需要像原动画中一样乘坐那辆由那个叫做飞鹰的老人飞行员驾驶的叫做咕咕号的开了七十几年的老飞机。
当天晚上，小智一行人再次抵达浅葱市。
第二天一早，可夏就来宝可梦中心给小智一行人带路。