我是高中生侦探工藤新一，当我跟青梅竹马的毛利兰一起到游乐园玩的时候，目睹了黑暗组织的交易现场。
专心看着交易的我，却忽略了从背后而来的另一个同伙，我被那个人强行灌了毒药，等我醒来之时……
我的身体已经缩小了，要是让他们知道工藤新一还活着，不但我的性命难保，连我周围的亲友也会卷入危机。
在阿笠博士的建议下，我隐瞒了身份，当小兰问及我的名字时，灵机一动化名为江户川柯南。
我为了搜集那些家伙的情报，于是住进了父亲以侦探为业的小兰家中。
今天我身体缩小后的第3天，但到目前为止还没有黑衣男子的情报。
真是的，我为了这个目的才潜入这里，偏偏遇上这种糊涂侦探。
“哎呀，是洋子小姐耶！”
“哦——哦——哦！洋子！letsgo！洋子?！”
这个一把年纪还喜欢偶像的颓废大叔，这种大人怎么可能成为名侦探呢。
终于挺过了一天小学生课程的摧残，一放学柯南就跑到阿笠博士家。
“哈哈哈哈哈！毛利小五郎真的那么笨吗？”
“是啊，那个叔叔真的很没用！”
受不了毛利小五郎的江户川柯南忍不住跟阿笠博士抱怨。
“唉，千万别这么批评人家，好歹他以前也是一名蛮干练的刑警。”
“可恶，我本以为住在他那儿能早点找到黑衣男子，拿到使我缩小的药呢！”
“好了，别着急了，新一。”阿笠博士接着说，“他们是为了要杀你才用那种毒药，一旦知道你没死，一定会有所行动的，万一新一你没死的事情暴露了……”
工藤新一也就是江户川柯南有气无力地说：“我知道，我知道，万一曝光了，到时候不光是我，连我身边的人都会遭殃，对不对？”
阿笠博士想起来：“对了，昨天小兰来找我，因为找不到你她急得要报警，不过被我拦住了。我告诉她新一可能在进奇怪的案件里了，我这样先把她瞒住了，能瞒多久就不知道了。”
“小兰……”柯南的表情暗淡下来。
小兰在家里总是笑嘻嘻的，没想到……为了不让小兰担心，他必须加紧搜查的脚步了。
“咳咳！”阿笠博士咳了两声，“新一，比起小兰现在还有更严重的问题。”
“唉？还能有什么问题比瞒着小兰更严重？”
“你忘记了吗？一二三今天就要从阿美丽卡回来了呀！”
“诶？！！！”柯南惊了，“完、完全忘记了。”
“那要不要真相告诉一二三。”阿笠博士提议道，“比起毛利小五郎这个糊涂侦探，一二三的侦探能力更加出色。”