六月初一华军登陆舰队趁着涨潮强行通过水下封锁线，几艘新式重型炮舰直接从水下沉船上方驶过，压开一个通道，旧式舰艇立刻从这个通道涌入港口。
海盗军随后发起大规模反击，至少五十艘装有各种型号的铁炮、铜炮、木炮的炮舰掩护大约两百艘小型火攻船强冲拥挤在封锁线内的华军舰队。
华军新型炮舰部队侧舷对敌，组成一条战列线，向敌军倾泻最大火力。
水兵也在船舷边缘使用步枪增强火力，最后华军用一些舢板系留在炮舰前方，阻挡火攻船靠近。
双方激战两个时辰，所有火攻船损失殆尽，五十艘海盗炮舰有11艘被击沉，17艘被俘，其余退回港内。
华军损失六十艘舢板，另有一艘炮舰被焚毁，35人阵亡，33人受伤。
当天下午华军发起对基隆的登陆作战，华军登陆之后，海盗在陆地上组织两次反攻，但没有取得任何成绩。
六月初三，华军已经完成对基隆的合围。
六月初四清晨，天降大雾，海盗军发起最后一次大规模海上反击作战大约二十艘炮舰掩护三十多艘小船，趁着大雾伪装成华军舰艇，接近华军炮舰部队，随后发起跳帮作战。
海盗们一度跳上几艘华军炮舰，然而他们很快就被米涅枪手和发射霰弹的轻型甲板炮一一射杀。
纵使如此，此次接舷战也是海盗军交换比最好的一次战斗海盗军损失两百人，华军损失七十人。
不过，被偷袭后，暴怒的华夏海军对附近的海盗船进行持续追杀，至少三十艘大小船舶被击沉，其余溃散——这次华军没有保留俘虏。
六月初六，华军发动对基隆的总攻，当天攻克基隆。
攻克基隆后，华军在本地进入休整，同时躲避台风季节。
一直持续到十月初，华军才再次发动进攻，这次华军海陆并进，十月初五占领淡水，两天后占领南嵌，十月十二占领南墅，十五日占领新港，二十二占领崩山。
十月二十三，海盗军纠集最后主力两万余人，外加本地巴布撒社、猫雾悚社等猎头族猎人八百，在大甲溪一带进行陆地上的最后一次反击作战。
这次反击迅速被华军炮兵击溃，密集的霰弹和新型爆破弹发挥出巨大威力，海盗和猎头族联军死亡九百余人，被俘两千多人。
随后，罗海涛按照华军传统，在当地猎头族中实行选五杀一令，大约十天时间内，华军杀戮当地人五千以上，超过七千人被卖为奴隶，一直把所有猎头族全都杀进原始森林才算停止。
接下来，华军的继续进攻中，和安雅社和西拉雅社的猎头族受到震慑，拒绝为海盗作战，使得华军迅速通过台岛南方猎头族社区分布密集的地带，与十一月初一抵达海盗军最后的大本营东宁。
此时，海盗军在东宁到打狗一带还有两万多兵，但大部分是屯田的农民征召而来，他们到台岛只是为了混口饭吃，没人愿意为海盗战斗到底。
何况海盗们自己的战斗意志也已经很成问题了。
十一月初三，在华军完成对东宁的包围之后不久，最后的海盗军主力升起白旗，向华军投降。
至此，台岛已经纳入华夏的统治。