在超古代时期，人类以当时被称为“魔兽”的神奇宝贝为信仰，并加以崇拜，魔兽们也反过来庇护他们，这样的日子维持了很久。
但自然界是有法则的，当时的人类大肆砍伐树木，占据自然资源。
而被人类的崇拜所蒙蔽的魔兽们一时间并没有察觉，只想着要再强大一点，打败别的魔兽，独占这信仰与崇拜。
魔兽不断厮杀变强，人类持续伤害自然，终究报应还是来了。
曾经帮助过时拉比的波克基斯族长得到来自对方的预言，自然秩序遭到破坏，“死亡之翼”遮蔽天空，不祥的大鸟即将降临，万籁俱寂之刻。
这预言就差没指着它们的脑袋说：“你们和人类都要完蛋啦！”
而给出预言后，时拉比与波克基斯族长再不相欠，重新回到了时间裂缝。
时空裂缝与时间裂缝不同，前者是所有时间与各种不同世界与空间发生汇合、重叠的地方，进去就是死路一条。
而后者则是固定一个世界的不同时间线所构成的时间通道。
故事继续，得知了这场无法避免的灾难，心善的波克基斯告诉了人类和其他种族，而人类也慌了神。
这时候他们才幡然醒悟，看着天空中、大地上、海洋里乱斗的魔兽，他们深知，要想活下来，只能自救。
于是人类靠着在海里无意中发现的一种黑色物质，经过不断的实验与研究，确定了它能通过某些排列的方法，在不杀死魔兽的情况下，操控魔兽的心，放大它们的欲望。
加上曾经祖辈流传的传说，人类发现了一种名叫“未知图腾”的存在，传说牠可以满足愿望，实现梦想，而对当时的人类来说，愿望就是活下去。
于是他们开始想办法召唤未知图腾。
而办法就是制造一场对现实影响力极大的战斗，从而污染传说中的反面世界，祖辈的史书记载，那里有一个可怕的存在。
对方一旦生气，就会打开通往反面世界的大门，在彻底打开之前，便能从缝隙进入异界之门，实际上是时空裂缝中，从而见到未知图腾。
说干就干，人类用“沉睡就可以躲避灾难”和“黑色物质可以永生”为谎言，哄骗相互不对付的巨大耿鬼和胡地。
在牠们身上用黑色的物质烙印下纹身，又为了防止变故和失败导致他们被提早灭掉，故而又恳求一只胖丁心甘情愿被封印。
因为害怕胖丁无法控制，变成三方大战，所以古代人类给胖丁印上的纹身只带有封印的作用。
随后又做了更深的一层保障，也就是快龙。
他们在地下洞窟中为快龙制造了最大的住处，并且祈求快龙在灾难来临前庇护他们，但是却并没有告诉快龙他们究竟做了什么。
于是，一场阴谋就这样开始了。
「毁灭世界的两股力量，黑色的黑暗，染黑了天空；金色的眼眸，扰乱了气」，对应着越打理智丧失的越严重的耿鬼和胡地。
天空被大战污染，结晶的出现使得反转世界出现了无数的有毒瘴气。
那位存在震怒，欲来到现实世界，「异界之门在天空打开」，时空裂缝开始出现。
人类祈求未知图腾实现他们的愿望，但愤怒的未知图腾丝毫不理会，反而将战斗的影响进一步深化。
「此时出现了平息一切的力量」，快龙发现了争端，出手制止，胖丁也从铜器中出来，开始唱歌，时空裂缝中的愤怒开始平息，快龙的时间只够在睡着前回到地下洞窟。
「化成圆球回到地平线以下」，既可以说是耿鬼、胡地和胖丁，也可以说是降下死亡后，化为巨茧在世界深处沉睡的“破坏之茧”。
超古代快龙的叙述并没有非常完整，一些用词也比较含糊，但作为旁观者，通过当时别的神奇宝贝临死前拼命说出的真相，牠差不多知道整个过程。