“华严宗”与皇室贵族关系密切。“倭王”（“圣武天皇”）极重华严宗，比如在西元749年，其颁布发令规定诸宗、院讲说经论，要以《华严经》为本，同时还勑中央寺院“东大寺”为华严宗的“本寺”。
到了西元754年，唐代高僧鉴真（西元688年—西元763年）应日僧的邀请，成功东渡日本后，在“东大寺”的“毗卢舍那”大佛前、大佛殿西侧、下野“药师寺”和筑紫“观音寺”建筑戒坛，以传布“南山律宗”。
“奈良六宗”传入日本后，被日本朝廷作为施政的一种指导思想来加以利用。为了获得本阶级的现实利益，日本侧重建寺、造像，诵经。在写经方面，各宗在教义上无多大发展，基本承袭中国各宗固有教义。
西元804年，最澄（西元767年—西元822年）和空海（西元774年—西元835年）同是入唐求法。归国后，最澄以“比睿山”为中心，创立了日本的“天台宗”。与此同时，空海以东寺和高野山为中心，弘传“真言宗”。
两宗是日本“平安时代”（西元794年—西元1192年）的“代表宗派”，开始重视宣传，解释教义、教理。日本的“天台宗”弘传中国“智觊”的“天台法系”，宣传“一念三千”，即世界万物都是人心一念的产物。
同时，“天台宗”还宣传“三谛圆融”，即“空”、“假”、“中”三谛相即融通，并在此理论础上，主张“圆教”（天台宗）、“禅”（宗）、“圆戒”（“大乘戒”）、“密教”的“四教合一”，尤其在“密教”的发展上，成果更为突出。
“真言宗”阐明“密教”，是佛教的“终极妙义”，强调“即身成佛”的思想，即“父母所生身，速证大觉位”，认为只要成就“三密加持”（口诵“密咒”，手结“印契”，心念“佛相”）就可“即身成佛”，获得佛法加持己身。
这也是“忍者”施展“忍术”的关键理论基础。在宗教实践上，两宗更注重“密教”。以“镇护国家”、为贵族“消灾积福”，作为“诵经修法”的主要目的，盛修息灾、增益、延命及祈请祐护等法会，作用类似“阴阳寮”。
因此，为了区别“真言宗”和“密宗”，倭人又称国内“天台宗”的“密教”简称为“台密”。到了西元十二世纪以后，经过数百年发展之后，东传的“佛教”与日本民间信仰、生活习俗相结合，一些注重信仰、教义简单的“新宗派”相继兴起。而与此同时，“禅宗”的“临济”、“曹洞”二宗也随着宋日贸易兴盛，由宋朝传入日本。
西元1175年，日本僧人法然（西元1133年—西元1212年）据善导《观经疏》等著作，创立了日本“净土宗”。该宗以浙江天台山的“净土教义”为准，“舍弃万善诸行，只取念佛一行”作为凡夫俗子往生“净土”的“正业”、“正因”，只要信愿具足，一心称念“南无阿弥陀佛”，始终不怠，临命终时便可往生西方“极乐净土”。
自法然首创“弥陀念佛”法门以来，获得很大发展，日本佛教界形成了“净土宗”、“净土真宗”和“时宗”三大法系。“时宗”由一遍和尚（西元1239年—西元1289年）创立，宣传“他力念佛”的教理，更注重《阿弥陀经》，注重“游行化”的传教实践，即鼓励门下弟子去做“游方僧人”，通过游历日本的亲身实践来弘扬佛法。
“临济禅”和“曹洞宗”分别由荣西和尚（西元1141年一西元1215年）与道元和尚（西元1200年—西元1275年）传入日本。荣西曾于西元1168年、西元1187年两次留学于宋朝，传承了中国“临济禅宗黄龙派”的理念，修“看活禅”，即所谓的“借助先师语录等达到觉悟”，后创立日本“圣福寺”、“建仁寺”并兼修“密宗”。
“曹洞宗”的“宗祖”即“道元和尚”则师事于宋朝“天童山”的長眉老和尚“如净法师”，回国后以日本的“永平寺”为中心传教，主张修“默照禅”，提倡“只管打坐，禅心是佛”，即主张通过“寂照静默”来“休歇身心”，以达到解脱。至“莹山绍瑾”时，对“禅风”作了改革，吸收民间流行的祈祷仪式，并建“总持寺”为新的传教中心。
“禅宗”传到日本后，深得朝廷和幕府将军的皈依，在诸教派中尤为兴盛。“禅僧”与宋朝交往密切，大量摄取中国宋代的文化成果，并在此基础上形成了日本佛教史上很有影响里的“五山文学”流派。
到了西元十七世纪中叶，明朝僧人隐元（西元1592年—西元1673年）将“黄檗禅宗”传入日本后，振兴了日本“禅林”（佛教界）的发展。而“黄檗宗”也传来了中国“临济宗”里“杨岐派”的“禅风”，主张“禅净一致”，宣传“阿弥陀佛信仰”，使得“本山”即“黄檗山”的“万福寺”，在制规和修行方式上，依然保留着某些明代风格。
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