但是，意想不到的事情发生了，因为克拉布已经被人暗杀于家中。使者发现克拉布被暗杀后就大声疾呼起来，引发守军包围营地并发现了女扮男装的刺客。克拉布遭到暗杀后，使得皮儿?马黑麻即位的正统性遭到了质疑。虽然皮儿?马黑麻在帖木儿生前征伐印度之战中屡立战功，但他毕竟只是“长孙”的辈份而已。
比起他的四叔沙哈鲁的声望相差甚远，也就难以威服众人。与此同时，帖木儿第三子的儿子哈里勒控制了撒马尔罕，并宣布自己为“帖木儿帝国”的统治者，由此便拉开了帝国内战的序幕。皮儿?马黑麻起兵与之交战，却被哈里勒打败，并很快就被自己的麾下将领们杀害，而哈里勒也在获胜后不久遭到手下叛变。
当时，驻扎在费尔干纳（古“大宛”）等地的将军是胡代达，反叛哈里勒，使之屡战屡败，难以招架。
与此同时，在阿塞拜疆与伊拉克，帖木儿的第三子米兰沙和自己的两个儿子在同室操戈，接着又受到了其他将领的攻击，顿时乱作一团。沧海横流，方显英雄本色。帖木儿的子孙们，在他还活着时，因有着这个巨人站在身后，就都能建立自己的功业，但要让他们独立面对乱世时，大多数子孙却不能经受考验。
首举判旗的哈里勒被叛将打败后做了俘虏。而帖木儿的三子米兰沙在率兵与土库曼首领哈拉?优素福的战争中战死了。只有帖木儿的四子沙哈鲁，这个“仁慈平和”、“不喜战争”的人，反而被逆境激发出了潜能。
沙哈鲁率军逐渐平定各地叛乱，之后还收复了撒马尔罕。与此同时，还救出了宠妃爱花弥儿和哈里勒等人。而始作俑者的哈里勒背弃祖父遗愿，被四叔所救后，自觉已无占据大位之能，遂从此隐居，远离纷争。于是，沙哈鲁接过了父亲帖木儿和侄子皮儿?马黑麻的王位，于西元1409年，成为了新一任统治者。
尽管沙哈鲁成为了“帖木儿帝国”的第三任统治者，但他始终不能恢复帝国强盛时代的全部疆土，因为伊朗西部、阿塞拜疆、伊拉克等地，仍被土库曼首领哈拉?尤素占领。这个曾屡次被帖木儿打败的哈拉?优素福便以此建立了中亚历史上著名的“黑羊王朝”。而与此同时，叙利亚则被埃及的马穆鲁克王朝收复了。
沙哈鲁则只能维持对东伊朗、河中地区、阿富汗的统治，并以“赫拉特城”为首都，派遣自己的长子兀鲁伯去驻守撒马尔罕。沙哈鲁成为了统治者后，没有继承其父亲帖木儿那般穷兵黩武的扩张政策，而是将其父亲经营城市和保护学术、艺术的政策发扬广大。沙哈鲁在经济领域也算颇有建树，因搞“特色经济”。
所谓“特色经济”，即按照场地特征来发展经济，统一规划，并加强商贸管理，最终促成了商业繁荣。
在这一时期，撒马尔罕作为帝国的名城，不仅人口众多，而且富丽堂皇，是一个处处都是雄威建筑的豪华都市。在艺术方面，波斯细密画产生了“赫拉特画派”，且该画派吸收了中国工笔画的特点，将技法和艺术水准达到了定点。在文史方面，沙哈鲁还召集学者，编撰了《帖木儿武功记》，记述了父亲的伟业。
因此，在沙哈鲁时代，中亚和西亚也被称为“帖木儿帝国”的“光荣时代”。沙哈鲁的长子“兀鲁伯”原名叫作马哈麻?塔剌海，“兀鲁伯”是人们对其敬称，在突厥语中意为“大王公”。他醉心于天文学研究，对文学、音乐等也广为涉猎。西元1446年，沙哈鲁家族内部出现了变乱，这让沙哈鲁忍不住要率军亲征叛乱分子。
但是，沙哈鲁却也如其父亲帖木儿一样，竟然病死于途中。沙哈鲁死后，其长子兀鲁伯继位，并将全国工商税作为国库的主要收入来源，因此全国普通百姓都没有发生过一起反对他的人民起义。同时，兀鲁伯也邀请了一批著名的天文学者到自己的宫中做客，其中就有被人称为“当代柏拉图”的天文学权威鲁米。
当尊重科学、研究学术的兀鲁伯被人们冠以“学者君王”之美称时，“帖木儿帝国”的危机也在步步向他逼近。当初，兀鲁伯的长子迪甫英勇善战，是他的得利助手，正在率兵抵挡着来自北方草原上的强大敌人。
当时，在北方蒙古人建立的“金帐汗国”中分离出去的“蓝帐”乌兹别克人已经强大起来，正在动员骑兵军团，大举南下进攻“帖木儿帝国”。迪甫在对抗乌兹别克人入侵时屡立战功，在镇压“帖木儿帝国”内部叛乱时也是无往不克。虽然长子迪甫军功卓著，但他身上的那种“赳赳武夫”气质很难赢得“学者君王”兀鲁伯青睐。
于是，在西元1449年5月第一次朝会上，兀鲁伯竟然无视满心期待的长子，而强行宣布次子阿即思为“帖木儿帝国”的“继承人”。逆转的情况令长子迪甫大为失望，史书上记载迪甫听到消息后，一言不发地离开了朝堂。此后，父子之间的仇怨也越来越深厚，而长子迪甫的一些支持者也被兀鲁伯尽数驱逐出了朝廷。
政治争斗的本质就是权力争夺，无论是宫廷内部争斗，还是地方与中央的矛盾对立，终究还是权力发展不平衡所致。于是，在西元1449年9月10日，兀鲁伯与长子迪甫二人的大军在撒马尔罕城郊展开决战。
在两军阵前，迪甫厉声呵斥了父亲兀鲁伯的“罪行”：你这个整天沉溺于‘天文台’建设的君王，竟遗忘了为自己浴血奋战的广大战士们？战士们流血护边，难道只是为了让你建造更多的‘天文台’而亵渎神灵么？”
“今天，对阵的不再是我的父亲，而是一个可憎的敌人！我们帖木儿帝国的勇士们，要为了维护信仰而战！”话音一落，迪甫便率领自己的骑兵军团向父亲的大军冲去。而兀鲁伯也被长子气得够呛，领兵接战。
由于迪甫身先士卒且长年与外敌和各路叛军交战，不仅气势勇猛且战术高超，因此在这场“逼宫”式的决战中，兀鲁伯惨败后逃回了撒马尔罕城，但却被长子迪甫所擒住。此时，父子再度相见，却物是人非。
迪甫提出“君王不杀君王”，便让父亲前往“麦加”朝圣，于是在西元1449年10曰23日，兀鲁伯终于启程西去。但他却是一个人骑马前往麦加，且两天后在一处客栈里被长子迪甫派来的追兵捕获，并斩首杀害。
回望人生，兀鲁伯和其父亲沙哈鲁承载着“帖木儿帝国”最后的繁荣岁月，而长子迪甫所派来的追兵却将他的人生画上了“休止符”。但不幸的是，北方的乌兹别克人已经强大起来，正大举南下，欲称霸中亚。
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