接下来，在与明朝三十余年的对抗中，“北元”虽偶有“岭北之役”这样的大胜，但明朝在三十年的经略中先后消灭了之前蒙元朝廷驻留在云南省的梁王势力、东北纳哈出势力，山西和甘肃的扩廓帖木儿势力，并将自己在战争中所降服的各路蒙古部落实力糅合起来，在草原上建立了著名的“朵颜三卫”，以拱卫京师。
其中尤以西元1370年李文忠“应昌之战”和西元1388年蓝玉的“捕鱼儿海之战”对北元朝廷打击最严重！李文忠俘获了元顺帝之孙“买的里八剌”及后妃、宫人、诸王、省院达官、士卒等，迫使“残元”宣光帝“爱猷识理达腊”与数十骑北逃至和林旧都之后才幸免于难。
蓝玉所部俘获吴王朵儿只等2994人，军士男女77037人，获马驼牛羊150000余头，破哈剌章营，又获其部下军士15803人，马驼48000余匹。北元在军事和经济方面的损失都极其惨重，尤其是元顺帝之子脱古思帖木儿在“捕鱼儿海”（贝加尔湖）被明军击败后在逃亡时遭其臣下也速迭儿弑杀，使北元汗廷彻底覆灭。
此事还得从异时空的洪武十一年（西元1378年）的四月份说起。当时，志在中兴大元的元昭宗孛儿只斤·爱猷识理达腊含恨去世，由他的弟弟孛儿只斤·脱古思帖木儿于同年的五月份，继承了蒙古大汗的王位。
脱古思帖木儿改年号为“天元”，寓意为“天命归于‘大元朝廷’”。所以，后世的人们也将其称呼为“天元帝”。脱古思帖木儿在位期间，明太祖朱元璋为了彻底扫清蒙元势力，便加紧了对于北元势力的军事打击。
在天元三年，也就是西元1381年的十二月份，朱元璋委派傅友德、沐英等将其去收复云南，最终逼得在那里世代镇守的元朝梁王“把匝剌瓦尔密”自杀，就连盘踞在大理数百年之久的段氏家族也被明朝给强行拔掉了。自此以后，云南自被中原朝廷收复，并结果了蒙古人在该地长达128年的“合法统治”。
天元九年，也就是公元1387年，朱元璋发动了第五次北伐蒙古之战，由冯胜、傅友德、蓝玉等开国名将都一齐出动，目的就是攻占盘踞在东北金山的“元朝太师”纳哈出势力。经过了一系列的战争之后，明军以绝对实力反复碾压蒙元大军，最终于同年十月成功迫使纳哈出投降明朝，使广大东北地区被明朝收复。
当云南和辽东被明王朝相继收复之后，蒙元在中原的势力就此宣告全部终结，而朱元璋的下一步就是深入漠北地区，对于苟延残喘的“北元朝廷”进行军事打击。天元十年，也就是公元1388年5月18日，明朝悍将蓝玉带领一支明朝大军深入大漠，并成功在“捕鱼儿海”（贝加尔湖）一带袭击了北元蒙古军队的大营。
当时，元军无力抵挡，死伤惨重，就连脱古思帖木儿的次子地保奴，还有其他五十多位高层人员都被俘虏，此外还有七万多普通蒙古人，加上十万多头马、驼、牛、羊等生出都统统被明军掳掠而走。
至于脱古思帖木儿本人，则带着长子天保奴，还有知院捏怯来、丞相失烈门等寥寥数十骑，狼狈地向北逃命。脱古思帖木儿的表现如此之差，自然引起了底下蒙古贵族的诸多不满，于是开始有人怀恨在心。
在同年十月份的时候，元世祖忽必烈的弟弟阿里不哥的后裔也速迭儿将脱古思帖木儿以及其长子天保奴残忍杀害，知院捏怯来、丞相失烈门等跟在脱古思帖木儿身边的大臣为了求得自保，只得带着三千余人，往南边逃窜，去向明王朝寻求庇护，心想在草原上混不下去了，为何不归降南边向“新霸主”朱元璋？
脱古思帖木儿被尊为“乌萨哈尔汗”，自他死后的历代蒙古大汗，都不再取来自“汉式”的“庙号”和“谥号”。而也速迭儿在不久后也自立为蒙古大汗，在他的带领下，北元势力曾一度大增，甚至还雄踞漠北了。
从此，草原势力大致分为瓦剌、鞑靼两大势力，以及反复横跳后被明朝收服的兀良哈三卫（也叫“朵颜三卫”）。这便是明朝前中期时，蒙古各部势力的分与合。不过，因朱元璋推翻了元朝，使得蒙古人恨他。
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